最低賃金の対象となる賃金には時間外手当や通勤手当なども含めて良いのですか？

　含めることはできません。
　最低賃金の対象となるのは、毎月支払われる基本的な賃金で、以下の賃金は対象外です。

【最低賃金の対象とならない賃金】
　①臨時に支払われる賃金（結婚手当など）
　②1箇月を超える期間毎に支払われる賃金（賞与など）
　③所定外労働に対して支払われる賃金（残業手当など）
　④所定労働日以外の労働に対して支払われる賃金（休日出勤手当など）
　⑤午後10時～午前5時間の労働に対して支払われる深夜割増賃金（深夜手当など）
　⑥精皆勤手当、通勤手当及び家族手当